De Gouvernementsmarine werd in 1861 - als opvolger van de 'Civiele Schoeners en Kruisbooten' die ook wel de Burgerlijke Koloniale Marine werd genoemd - ingesteld.
De Gouvernementsmarine maakte deel uit van de Zeemacht in Nederlands-Indië onze toenmalige Nederlandse kolonie.
De Gouvernementsmarine bestond naast de Indische Militaire Marine en had vooral civiel-bestuurlijke taken. Wat op land de ambtenaren van het binnenlands bestuur of de plaatselijke commandant van het Koninklijk Nederlandsch-Indisch Leger (KNIL) waren, was de gezaghebber van de Gouvernementsmarine op zee: controleur en uitvoerder van het bestuur.
De Gouvernementsmarine  bestond bij oprichting uit 76 bewapende kruisprauwen met zeilen en negen stoomschepen die verspreid over Indië ter beschikking van de residenten stonden. De schepen zorgden onder meer voor personenvervoer en waardetransporten  van het bestuur naar de verschillende districten.
De Gouvernementsmarine assisteerde -met haar schepen die alle van bewapening waren voorzien - zeer regelmatig de oorlogsmarine en het KNIL bij het bedwingen van de vele onlusten en opstanden in de Indische archipel. Dit deden ze naast het voorkomen en bestrijden van zeeroof en smokkel.  Steeds vaker konden ze daar stoomschepen - die de kruisboten vervingen- voor gebruiken.
Het takenpakket van de Gouvernementsmarine  bleef door de jaren heen in grote lijnen hetzelfde:
● vervoer van personen -  goederen en gelden voor het gouvernement.
● politietoezicht binnen de territoriale wateren.
● verder alle diensten die voor het bestuur van de kolonie nodig waren.
● de zeekartering d.w.z. het aangeven van de meest geschikte zeevaartroutes  en het uitzoeken van plaatsen waar vuurtorens bakens en lichten moesten komen.
● controle op de visgronden en het tegengaan van sluikhandel en spionage.
● verbetering van de infrastructuur door het leggen van telegraafkabels in het gigantische wateroppervlak van de Indische archipel.
In 1939 werd vanwege de oorlogsdreiging  een aantal schepen in gemilitariseerd. Drie moderne motorschepen van 600 ton waren al eerder aangewezen als vliegtuigmoederschip voor de in de archipel opererende Dornier vliegboten van de Marine Luchtvaartdienst. Ze waren uitgerust met voorraadtanks voor vliegtuigbenzine en een 7,5 cm kanon.
Meerdere Gouvernementsmarineschepen werden na de Japanse inval in 1942 door de bemanning afgezonken in de haven van Tandjong Priok.
De Gouvernementsmarine bleef wel tot aan de overdracht van Nederlands-Nieuw-Guinea aan Indonesië in 1962 bestaan.