Een klein jongetje leeft met zijn ouders in een afgelegen dorp Zijn vader ziet in hem een collega – een dominee in een toga en met een eigen typemachine. Nadat hij hem voortijdig zijn debuut laat maken met een preek, is zijn moeder er des te meer opgebrand hem een spijkerbroek, een fiets en een moderne opvoeding te geven

De jongen zet in het geheim echter toch zijn theologische studie door en verdiept zich in de Ontmoeting in de Lucht, wanneer de gelovigen opgenomen in de hemel en in de tijd van de Tribulatie, de zeven jaar van ontbering op aarde. Met deze verwarrende kennis begint hij op school en wordt een veelvuldige bezoeker van de schoolbibliotheek.

Totdat op een dag vader en moeder zijn verdwenen. Zijn zij opgenomen in de hemel en moet hij alleen op aarde de zeven jaren vol ontbering doorstaan? Is hij alleen achtergelaten en moet hij de Tribulatie in zijn eentje weerstaan? Dan neemt Violet, het meisje van de dorpswinkel hem mee naar het zuiden van Zweden op vakantie. In het huisje vlakbij verblijft de Secretaris-Generaal van de Verenigde Naties Dag Hammerskjöld. Violet die zijn moeilijke loppbaan op de voet heeft gevolgd, is overtuigd van haar gevoelens voor hem en weet dat hij hetzelfde voor haar voelt –als ze maar de kans krijgt hem te spreken. Haar plan wordt uitgevoerd met behulp van een zelf gemaakte bikini en de zoon van de dominee als boodschapper.
Aan het einde der tijden is een universeel en ontroerend verhaal over verbeelding, wonderen en de magie van de kinderwereld.