De moeder van Lodewijk de Boer, Agnes A.M. Lichtveld, was een jongere zuster van schrijver Lodewijk 'Lou' Lichtveld (pseudoniem: Albert Helman). Lodewijk de Boer werd naar hem vernoemd en zou een artistieke duizendpoot worden. De Boers biologische vader was de in Nederlands-Indië geboren beeldhouwer en verzetsman Frits van Hall, die in januari 1945 in een Duits concentratiekamp omkwam. Zijn moeder, afkomstig uit Paramaribo, trouwde later met Douwe de Boer, een geschiedenisleraar, wiens achternaam hij kreeg.

Muzikaal gestimuleerd door zijn vader, die in zijn vrije tijd piano speelde, ging hij naar het conservatorium in Amsterdam. In 1961 werd hij altviolist bij het Koninklijk Concertgebouworkest. Gedurende de zeven jaren die hij bij het orkest speelde, hield hij zich al bezig met absurdistisch theater. Hij debuteerde als auteur in 1961 met het korte verhaal De omgekeerde god, zijn eerste eenakter, De kaalkop luistert, werd in 1963 door studenten opgevoerd onder regie van Annemarie Prins.

In 1968 verliet hij het orkest en werd regisseur bij Toneelgroep Studio, waar men al met hem als schrijver kennis had gemaakt (Het gat en De verhuizing). Hij ensceneerde er zijn eigen stukken Darts en Lijkensynode en regisseerde later onder meer bij het Nieuw Rotterdams Toneel, de Nieuwe Komedie, Toneelgroep De Appel, Toneelgroep Centrum, de Theaterunie en Toneelgroep Baal. Bij het Het Amsterdams Toneel bracht hij in het seizoen 1972-1973 zijn beroemde neorealistische theatervierluik The Family (met Huib Broos, Gees Linnebank, Martine Crefcoeur, Cocki Boonstra en Wim Kouwenhoven), een toen actueel tijdsbeeld over de bewoners van een kraakpand. De voorstellingen kregen in 1973 de Prijs van de Kritiek. De Boer regisseerde zelf dat jaar de verfilming. In de jaren zeventig experimenteerde hij vooral met tekst en (eigen) muziek, onder meer in samenwerking met het Willem Breuker Kollektief.

Zijn teksten waren gespeend van sentiment en gepsychologiseer en werden gekenmerkt door soms subtiele verwijzingen naar de Tweede Wereldoorlog en elementen uit de Surinaamse cultuur waarmee hij werd opgevoed. Zijn oeuvre, dat vernieuwend, schokkend, humoristisch, pervers, genadeloos en ondergravend werd genoemd, is imposant: theaterstukken, teksten, libretto's (van de opera's Naima van Theo Loevendie en Labyrint van Peter Schat), muziekstukken, films en combinaties daarvan. The Family, Zeven manieren om een rivier over te steken, De buddha van Ceylon en Angelo en Rosanna waren zijn belangrijkste werken. Ze werden vertaald en in het buitenland opgevoerd. In 1993 verscheen zijn uit vier delen bestaande Verzameld werk: de thema's bleken weliswaar gedateerd, maar de dialogen en het format tijdloos. Lodewijk de Boer, die meestal in het zwart gekleed ging met hoed en zonnebril, voerde in 2002 zijn laatste toneelregie met Wie is er bang voor Virginia Woolf?, met Edwin de Vries en Will van Kralingen in de hoofdrollen. In 2003 regisseerde hij nog de muziektheaterproductie Jona, de nee-zegger van Willem Breuker en Karel Deurloo.