Johannes Jacobus Willebrordus, oftewel Joost Zwagerman, wordt geboren op 18 november 1963 in Alkmaar. Zijn beide ouders werken in het onderwijs. Als kind van negen jaar maakt hij al zijn eigen blaadje , de Zwagergids. Hij stelt het samen uit teksten en foto's die hij uit de VARA-gids haalt en vervolgens naar zijn eigen ideeën bewerkt. In een interview in 1992 in De Morgen zegt hij over dit blaadje: 'Ik annexeerde, plagieerde, en componeerde - misschien was ik wel de jongste postmodernist van Nederland'.
Zwagerman gaat naar het atheneum aan de Rijksscholengemeenschap Noord-Kennemerland in Alkmaar. Na drie jaar moet hij overstappen van atheneum naar HAVO vanwege gedragsproblemen. Na de middelbare school kiest hij voor de Pedagogische Academie. Het eerste jaar, in 1981, volgt hij lessen in Bergen. Het tweede en derde jaar in Alkmaar. Aansluitend hieraan begint hij in 1984 aan de opleiding Nederlandse Taal- en Letterkunde aan de Universiteit van Amsterdam. Tijdens zijn studietijd verschijnen zijn eerste boeken. Hij stopt voortijdig met studeren maar volgt wel een cursus creatief schrijven van de auteur Oek de Jong.
Sinds 1984 woont Zwagerman in Amsterdam. Hij beweegt zich daar aanvankelijk veel in kringen van moderne kunstenaars en is veel te zien in trendy uitgaansgelegenheden. Hij verwerkt zijn ervaringen uit deze periode in zijn romans, waaronder in Gimmick uit 1989.
Vanaf 1984 verschijnen in kleine literaire tijdschriften de eerste artikelen van Zwagerman. Sindsdien is hij fulltime schrijver. Hij schrijft recensies en andere bijdragen voor de boekenbijlage van Vrij Nederland vanaf 1985 en daarnaast voor HP/de Tijd, de Volkskrant en jongerentijdschriften zoals Primeur. Zijn vroege gedichten en verhalen worden gepubliceerd in tijdschriften als Tirade en Maatstaf. De roman De Houdgreep, zijn eerste proza, verschijnt in 1986. In datzelfde jaar verschijnt van zijn hand de gedichten- en verhalenbundel De stilte ontluisterd. Van 1988 tot 1990 is hij redacteur van het literaire tijdschrift De Held. Hij is dus zowel als dichter als prozaschrijver actief.

Vanaf eind jaren tachtig heeft Zwagerman zich opgeworpen als een van de voornaamste woordvoeders van de dichtersgroep De Maximalen. Deze dichtersgroep zet zich af tegen de in hun ogen saaie en bloedloze poëzie van de dichtersgeneratie vóór hen, en pleit voor een poëzie die met beide benen in het maatschappelijk leven staat. In een artikel in de Volkskrant in 1987, Het juk van het grote Niets, schrijft Zwagerman dat er een tegenstelling bestaat tussen anekdotische poëzie en aan de andere kant een meer ontoegankelijke, hermetische poëzie. Deze tegenstelling vindt hij verkeerd. Hij zet zich juist in voor een soort poëzie die 'krachtig en vol lawaai, ronkend en licht vandalistisch' is.

Het lijkt vaak alsof Zwagerman de realiteit in zijn werk laat terugkomen. Schilder Rob Scholten herkent zichzelf, net als enige van zijn collega's, in personages uit de roman Gimmick. Het leidt zelfs tot een rel als in zijn roman Vals Licht een personage wel heel duidelijk gemodelleerd lijkt naar een werkelijk bestaande quizmaster (Ron Brandsteder). Zwagerman herschrijft de passage in de tweede druk van het boek omdat hij wil voorkomen dat het voorval zou afleiden van de literaire kwaliteiten van de roman. Maar de rel zorgt er wel voor dat Vals Licht veel publieke belangstelling krijgt, ook buiten de literaire pers. Het is vertaald in het Duits en genomineerd voor de Ako Literatuurprijs.

Joost Zwagerman is getrouwd met zijn oude schoolliefde Ariëlle. Sinds 1995 is hij vader. Zijn eerste zoontje heet Thijs en in 1998 wordt zijn tweede kind geboren. Vanaf hun geboorte schrijft hij in plaats van 's nachts overdag, van 9 tot 17 op zijn eigen kantoor omdat hij anders wordt afgeleid. Zijn eerste 'dag' boek is Chaos en Rumoer (1995) en naar eigen zeggen is er een duidelijk verschil met de boeken daarvoor die 's nachts werden geproduceerd. Zijn tien jaar jongere broer Alexander Zwagerman is ook schrijver, van hem werden de romans De heilige geest (1995) en De weddenschap (1996) gepubliceerd. Joost Zwagerman overleed op 8 september 2015 op 51-jarige leeftijd in zijn woonplaats Haarlem.